במערכת הביטחון מתנגדים להקמת הנמל תעופה בין לאומי חדש בנבטים. בסיס חיל האוויר בנבטים הוא בסיס אסטרטגי של חיל האוויר, המהווה את נמל הבית של הכלים האסטרטגיים של חיל האוויר, החל ממטוסי החמקן F35, טייסות הנחשון וכן מטוסי התדלוק של חיל האוויר לצד מטוסי השמשון.
במהלך המלחמה עם איראן, ניסו האיראנים והחות׳ים לפגוע בבסיס נבטים בטענה כי מדובר בבסיס האסטרטגי של ישראל. בשנים האחרונות לאחר שצה״ל רכש את מטוסי “האדיר”, נדרש חיל האוויר לבצע שינויים מרחיקי לכת בכל הבינוי וכן המערך האבטחה סביב הבסיס.
לאחרונה התברר כי האמריקנים פועלים לבנות מערך האנגרים עבור מטוסי התדלוק החדשים שישראל רכשה ואמורים להגיע בשנתיים הקרובות.
