תחקיר הקרב בקיבוץ עין השלושה קובע “צה”ל נכשל במשימתו להגן על הקיבוץ ותושביו”. הצגת התחקיר המבצעי של הקרב בקיבוץ עין השלושה ובמרחבו הושלמה וממצאיה הוצגו לחברי קהילת “עין השלושה” ולמשפחות השכולות. התחקיר, שסוכם על ידי מפקד פיקוד הדרום לשעבר, אלוף ירון פינקלמן, קבע כי “צה”ל נכשל במשימתו להגן על קיבוץ עין השלושה ותושביו”.
צוות התחקור בראשות אלוף-משנה זיו נמני הגיע למסקנה זו. עם זאת, צוין כי “כוחות צה”ל שפעלו במרחב הקיבוץ שיבשו את שטף התנועה לקיבוץ והישגי האויב במרחב”.
התחקיר העלה כי לקיבוץ חדרו מחבלים בשני גלים, דרך שלוש נקודות חדירה שונות מהגדר המערבית של הקיבוץ. בגל הראשון חדרו כ-15 מחבלים המשויכים לארגוני הטרור, ובגל השני חדרו עשרות בודדות של מחבלים. המחבלים ביצעו מסע רצח, ביזה והרס.
בהתקפה על מרחב הקיבוץ נרצחו שלושה אזרחים. במהלך הלחימה בקיבוץ, נפל רבש”ץ עין השלושה, אשר לפי התחקיר “פעל בגבורה, בחתירה למגע ובחירוף נפש עד לנפילתו בקרב”.
התחקיר מפרט את השתלשלות האירועים בשבעה באוקטובר, החל משעה 06:29, כאשר ארגון חמאס פתח במכת אש מרצועת עזה לעבר יישובי הנגב המערבי. בשעה 06:58 לערך, כ-15 מחבלים חדרו לקיבוץ והתפצלו לשתי חוליות.
בשעה 07:08, הרבש”ץ חתר למגע וירה לעבר חוליית מחבלים שזיהה בקיבוץ. המחבלים ירו לעברו ואז שיגרו טיל RPG לעבר רכבו. הרבש”ץ נפל בהיתקלות זו לאחר שהספיק לדווח למוקד אשכול על המתרחש.
בין השעות 08:05-08:30 חדר גל שני של עשרות בודדות של מחבלים ללא שיוך ארגוני, אשר המשיכו במסע הרצח וההרס. בשעה 09:00-09:39, מחבלים הגיעו לביתה של תושבת קיבוץ, ולאחר שניסו לפרוץ את הממ”ד בו הסתתרה, שרפו את הבית והתושבת נספתה. רק בשעה 13:20 הגיעו כוחות משמעותיים לקיבוץ והחלו בסריקות.
התחקיר מצביע על מספר כשלים מרכזיים: “ההפתעה, עוצמת ההתקפה, פגיעה ברכיבי הפו”ש התקשורת והאיסוף הכריעו את ההגנה על הקיבוץ למספר שעות”.
נושא שני: “מרכיבי הביטחון בקיבוץ לא התאימו לתרחיש של פשיטת מחבלים כפי שהתממשה. חלק מתשתיות הביטחון בקיבוץ היו תקולות או שלא היו בשימוש כלל במהלך המתקפה”.
באשר לפינוי הקיבוץ קובע התחקיר: “צה”ל לא עמד במשימת פינוי התושבים על פי הנורמה הנדרשת – פינוי התושבים התבצע ללא תכנית פינוי סדורה, ולא בטווח זמנים סביר”.
התחקיר מתייחס לתפקוד כיתת הכוננות: “מערך הצח”י וכיתת הכוננות (למעט הרבש”ץ) לא היו אפקטיביים בבלימת האויב בקיבוץ”.
צוות התחקור ציין לחיוב את “הגורמים האזרחיים שלקחו חלק בלחימה בקיבוץ והדגיש את חתירתם למגע של הרבש”ץ, חבר כיתת כוננות, תושב קיבוץ וארבעת האזרחים שאינם תושבי הקיבוץ.” כמו כן, צוין לחיוב “הגורמים הצבאיים שלחמו במרחב הקיבוץ, חיסלו עשרות מחבלים ושיבשו הגעת אויב לקיבוץ במספר היתקלויות בנקודות שונות סביבם.”